Prototype era una interesante propuesta en tercera persona donde encarnábamos a Alex Mercer, un tipo con superpoderes al que le salían unas enormes garras de las manos. Una ambición desmedida, especialmente teniendo en cuenta que el personaje sufre amnesia al comienzo.
Nos pasamos el juego creyendo que estamos usando nuestro poder para acabar con los malos, pero al final descubrimos que somos responsables de desatar un virus en la ciudad y que, antes de perder la memoria, trabajamos para el enemigo, robando para ellos un arma biológica mortal con la que posteriormente te conviertes en un monstruo sobrehumano.